在透射电镜中，用电子束代替平行入射光束，用薄膜状的样品代替周期性结构物体，就可重复以上衍射成像过程，（2）对于透射电镜，改变中间镜的电流，使中间镜的物平面从一次像平面移向物镜的后焦面，可得到衍射谱，固定的目的主要是终止组织细胞的生化过程，同时把它们的超微结构改变控制在zui小范围内，并保护这些结构在后续的脱水、包埋等过程中不被破坏；常用双固定法，用一定浓度的戊二醛对样品预固定，漂洗后使用锇酸对样品进行后固定。
锇酸是强氧化剂，固定脂类、膜结构，有电子染色作用，3脱水，用适当的有机溶剂取代组织和细胞中的游离态水分，使之能与包埋剂混合，脱水要彻底，更换液体动作要迅速，脱水时间不宜过长，且固定后的样品要充分漂洗，4渗透、包埋与聚合，4，1渗透，2包埋与聚合，加温在60℃聚合形成固体基质，牢固地支撑整个细胞结构或组织，制成适于机械切割的固体树脂包埋块，利于切片，常用玻璃刀、钻石刀进行超薄切片，刀上要装水槽，并注入槽液。
染色方法有单染，包括铅盐单染和铀盐单染；双染色，醋酸铀染色和柠檬酸铅染色，双染色呈现结果更全面，我们一般采用的双染法进行染色，常用染色剂：醋酸铀，有微弱的放射性，主要染核酸、核蛋白、细胞核、结缔组织，柠檬酸铅，主要染膜结构、脂类、糖原等，易与CO2反应成沉淀，染色中应采取措施避免，电镜照片主要解析粒径分布、单晶/多晶、晶面结构、元素和原子分散，其本质是信号的空间分布，基本机理与比例尺地图是一致的。
