微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌种还可以分泌一些刺激素维生素等以刺激作物生长，使作物健壮，营养状况得到改善。
有机肥中的有利微生物运用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其间含有许多的促成长类物质。如成长素，能促进植物伸长成长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，添加开花数、保果率，进步产值，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，到达增产增收。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
