土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收运用，而微生物代谢产物中含有许多的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成能够被植物直接吸收运用的营养元素，大大添加了土壤的供肥才能。有机肥猜中的有机质添加了土壤中的有机质含量，使得土壤粘结度降低，砂性土壤保水保肥功能变强，从而土壤形成稳定的团粒结构，便能够发挥良好的肥力和谐供给才能。用过有机肥，土壤会变得疏松、肥美。
有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
