大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要内容。微生物肥料的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身无毒无害。微生物肥料具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中经济有效的措施。
有机肥料含有多种营养, 有丰富的有机物, 能够加强微生物的活动, 肥效耐久, 不仅能够陆续供给作物营养的需要, 还能够改进土壤的水、热和通气的条件, 增进土壤熟化。有机肥料开释出的许多CO2能够供植物营养之用；有机肥猜中的腐殖质,则有刺激植物成长和吸收矿质营养的功效。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
