在掌握养分平衡的情况下，还要注意水溶性有机质的配合使用，包括使用二氧化碳气肥。 避免直接冲施，要采取二次稀释。水溶肥比一般复合肥养分含量高，用量相对较少，直接冲施极易造成烧苗伤根、苗小苗弱等现象，二次稀释不仅利于肥料施用均匀，还可以提高肥料利用率。
生物菌肥最怕杀菌剂，而不少菜农为防蔬菜根部病害常用杀菌剂灌根，这无疑使刚刚在土壤中定居的生物菌遭受灭顶之灾。另外，大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此，对于施用生物菌肥的大棚地，应尽量避免使用杀菌剂灌根，少施大量元素水溶肥等化学肥料。
生物菌肥料的优点： (1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。 (2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。 (3)分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
